管理科学与工程系前身是吉林工业大学管理工程专业，是吉林大学管理学院历史最为悠久的系。于1978年恢复并招生，1981年获批硕士授权点。2003年获批一级学科博士学位授权点，并于2004年开始招生。2009年获得人事部批准，2010年开始接收博士后研究人员。2006年获批吉林省重点学科。

管理科学与工程系现有专职教师16人，其中教授6人，博士生导师4人，副教授3人，博士化率93.75%，并聘有多名国外资深学者担任访问教授。本系教师承担多项国家自然科学基金和部委的研究课题，同时也承担许多来自企业的研究课题。目前拥有企业经营模拟实验室、企业信息化工程实验室、QAD管理软件培训实验室、大学生创新创业网络模拟实训平台、电子商务实验室等多个开放式研究平台。主要研究方向包括管理信息系统、工业工程、物流与供应链管理、电子商务、复杂系统建模与决策、商务智能与决策支持系统、系统工程、统计模型及其商业应用等。