吉林大学于2000年6月12日由原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建而成。2004年8月29日，原中国人民解放军军需大学并入吉林大学。合并前的六所学校，都有着光荣的历史。原吉林大学，是建国后由中国共产党亲手创建的第一所综合性大学，它的前身是东北行政学院。

抗日战争胜利后，为培养建立巩固的东北革命根据地和迎接新中国诞生所需的革命干部和专业人才，1946年10月5日，中国共产党在东北解放区首府哈尔滨市建立东北行政学院。首任院长由东北行政委员会主席林枫兼任。

1948年5月，东北行政学院与哈尔滨大学合并，改名为东北科学院。哈尔滨大学原是一所私立学校，1949年9月，东北行政委员会接收后改为公立大学，成为我党领导下的一所比较正规的高等学校。

1948年11月，东北科学院南迁至沈阳，复名为东北行政学院。1950年3月，东北行政学院更名为东北人民大学，成为培养财经政法方面专门人才的正规大学。同年6月，学校迁至长春。

1951年8月，著名马克思主义历史学家、东北文教委员会副主任吕振羽来校任校长兼党委书记。

1952年，全国高等学校院系调整，国家从北京大学、清华大学、燕京大学等院校中抽调出一批知名学者，充实学校的师资队伍，加强了学校的实力，东北人民大学成为建国后中国共产党亲手创办的第一所综合性大学。

1955年5月，著名的马克思主义理论家、教育家、社会活动家匡亚明来校任校长兼党委书记。同年9月，匡亚明校长提出了学校要形成和发扬“高度的社会主义政治空气；高度的社会主义学术空气；高度的社会主义文明空气；高度的社会主义体育文娱空气”。这“四种空气”成为鼓舞全校师生员工前进的精神动力。

1958年8月，东北人民大学划归吉林省领导，更名为吉林大学。

1960年，国家正式批准吉林大学为重点综合性大学。